Вслед за тем шведская власть утвердилась во всей Эстляндии (в северной части совр. Эстонии). В Ливонскую войну Швеция вмешалась как противник России. Брат и соперник короля Эрика XIV — Юхан, герцог Финляндский также овладел частью ливонских земель. Женатый на польской принцессе, Юхан опирался на поддержку польского короля, между тем как Эрик XIV изгонял из Эстляндии и поляков, и русских. Ливонская война способствовала обострению шведско-датских противоречий.

В основе их лежали и соперничество из-за прибалтийских земель, и борьба за единоличный контроль над подходами к русскому рынку, и вновь ожившие датские планы восстановления унии, и шведская решимость покончить с датско-норвежским окружением. Ожесточенная война (так называемая Северная семилетняя война 1563—1570 гг.) не принесла Дании ожидаемого успеха. Накануне войны посольство Фредрика II заключило в Можайске (1562) русско-датский договор о сотрудничестве (первый такой договор союз против Швеции — был заключен еще в 1493 г.). Впоследствии датский герцог Магнус, брат короля и епископ Эзеля, занял престол эфемерного Ливонского королевства, созданного по почину Ивана IV и под его покровительством (1570—1578). Политические перемены внутри Швеции облегчили ей победу в Ливонской войне. В 1568 г. Эрик XIV — образованный политик, человек со вкусами эпохи Возрождения, но вместе с тем болезненно мнительный деспот — был низложен своим братом и заточен в темницу.

Новый король Юхан III вместе с Речью Посполитой возобновил войну против России. В 1582—1583 гг. царь подписал тяжелые перемирия с обоими противниками. Швеция закрепила за собой Эстляндию, включая Нарву, и почти все Юго-Восточное побережье Финского залива. То был первый шаг к установлению шведского господства на Балтике.